Научный профиль Института - биология и биотехнология микроорганизмов, использование микроорганизмов в народном хозяйстве.
Основные направления научных исследований - биоэкология, систематика, физиология, цитология, биохимия, генетика и генная инженерия бактерий и грибов, регуляция метаболических процессов в клетках микроорганизмов, разработка микробных биотехнологий для народного хозяйства и охраны окружающей среды.
В инстиуте ежегодно происходят защиты молодых ученых!